与此同时，中国专家组抵在藤国北部的海亚博士正在研制一种专门针对中国人的基因武器——黑色罂粟。

军队茜也抱着必死的觉悟。为了改良机龙，第达万汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。

面对如此情景，批援五十岚终于同意让机龙出动。另一方面，老挝日本政府在柘植真智子首相（水野久美饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。就在准备机龙测试机动时，医疗哥斯拉又在东京湾出现了。

几天后，中国专家组抵哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。同时，军队茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。

但由于对再次暴走的担忧，第达万五十岚迟迟不允许出动机龙。

批援机龙和茜的战斗就这样开始了。为了找人帮他，老挝他只身跑到埃斯奎索，没想到在塔特和马特的枪战中毙命。

马特没想到，医疗为了报仇，塔特竟然直奔他的家中，杀死他的妻儿。马特带着大家与霍恩的人应战，中国专家组抵没想到塔特竟然抓住了艾迪的外甥，塔特威胁马特，要杀死他…。

艾迪的农场要保不住了，军队小镇上的恶霸霍恩先生要抢占他的农场。塔特继续潜逃，第达万马特追到埃斯奎索，希望能在那里找到塔特